El Departamento de Madre de Dios se creó el 26 de Diciembre de 1912, pero el breve lapso para el año siguiente no permitió que el Prefecto tomara posesión del cargo el mismo año, aparte que la vía de entrada de Lima hasta Pto. Maldonado, se hacia por tierra, ocupando en casos urgentes, más de quince dias de viaje.

2023 Sr. Herbert Estremadoyro Troncoso (actualidad)
2021 Prof. James Arturo Holguin Aguirre
2021 Sr. Herbert Estremadoyro Troncoso
2019 Mg. Wilson Simón Pacheco Perez
2017 Srta. Selva del Rosario Cuya Campos
2014 Srta. Roxana Borda Gamarra
2012 Gilbert Galindo Maytahuari
2008 Sr. Arbildo López
2005 Sr. Antonio Pita Villar
2004 Sr. Percy Rurich Núñez Sosa (07/01/2004)
2003 Dr. Osvaldo Rosales Cajacuri (13/08/2002 a 30/06/2004)
2002 Sr. Raúl Salazar Fernández. (30/11/2001 al 12/07/2002)
2001 CPC José Julio Vinelli Vega. (03/06/2001 al 30/11/2001)
1994 Sr. Doctor Luis Hishikawa Ávila.
1991 Sr. Subprefecto Alfredo Moreno Cachique.
1990 Sr. Subprefecto Angel E. Rivera Saomocurcio.
1989 Sr. Jorge Cárdenas Coll Fernández.
1987 Sr. Carlos Farro Zapata.
1985 Sr. Ricardo López del Águila.
1980 Sr. Gastón Metzger Soplín.
1978 Crl. Ejército Peruano, J. Rodríguez García.
1978 Crl. Ejército Peruano, Luis Justo Justo.
1978 Crl. Ejército Peruano, Oscar Giulfo Febres.
1978 Sr. Crl. Ejército Peruano, Miguel Capelletti.
1977 Sr. Luis Palomino Alcedo.
1976 Sr. Jehú Colonge.
1975 Sor Oscra Domingo Romero Pérez.
1972 Sr. Carlos Aranda Andrade.
1971 Sr. Raúl Hurtado Ascárate.
1971 Sr. José Portillo Castañeda.
1969 Sr. Napoleón León Velarde.
1968 Sr. Alfonso Merino Quevedo.
1965 Sr. Miguel Sierralta Morote.
1964 Sr. Alfonso Merino Quevedo.
1963 Sr. Manuel López Vásquez.
1963 Sr. Benjamín Stein.
1962 Sr. Napoleón León Velarde.
1961 Sr. Víctor Hugo Levy.
1959 Sr. Alberto Mallea Benavente, hasta 1960.
1957 Sr. José Arias Hugget, hasta 1958
1956 Sr. Comandante C. Ortega.
1955 Sr. Benjamín Stein.
1953 Sr. Leoncio Lanfranco, hasta 1954.
1952 Sr. Carlos Rizo Patrón.
1951 Sr. Andrés Porras Cáceres.
1950 Sr. Ponciano Sánchez.
1949 Sr. Andrés Porras Cáceres.
1944 Sr. Belisario Galarcep, hasta 1948.
1942 Sr. Leoncio Lanfranco.
1941 Sr. Enrique Ayulo Laos.
1938 Sr. Víctor Sánchez Elías, hasta 1940.
1937 Sr. Óscar Más.
1937 Sr. Emilio Delboy.
1936 Sr. Alfredo Sarria.
1935 Sr. Jorge Heaton.
1934 Ing. Jorge I. Castro Bulnes.
1933 Sr. Mayor de la Riva Agüero.
1932 Sr. Francisco Andrianzén Seminario.
1932 Sor Comandante Doria. 3 meses.
1931 Sr. Ricardo Rodríguez Ramírez.
1930 Sr. Comandante de Ejército, Lorezo Nuñez.
1922 Sr. Carlos León Velarde, hasta 1929.
1917 Sr. Oswaldo Patiño Zamudio, hasta 1921.
1917 Sr. Carlos Capatel.
1916 Sr. Carlos Gutiérrez.
1915 Sr. Capitán de Navio Luis Arce y Folsh.
1914 Sr. Gustavo La Jara.
1913 Sr. Jacinto Castañeda.